In questo mondo, Ivalice (lo stesso di FFTactics Advance, Vagrant Story e di FFXII, anche se qui sono tutti umani tranne i maghi neri e i demoni) scoppia una guerra, la Lion War, tra 2 fazioni di cavalieri: gli Hokuten (i cavalieri celesti del nord) e i Nanten (i cavalieri celesti del sud). Anche la Chiesa (di Murond Glabados) ha interessi di potere con le 2 gerarchie.
La morte improvvisa del re di Ivalice fa nascere la disputa su chi deve salire al trono: la principessa Ovelia è una dei possibili eredi e diventa bersaglio di chi vuole rapirla per ucciderla o sposarla. La sua guardia del corpo Agrias assolda un gruppo di mercenari per proteggerla: tra questi c'è Ramza, membro della famiglia Beoulve, rispettata per le gesta del padre cavaliere Balbanes nella guerra dei 50 anni (tra Ivalice e la regione est di Ordallia). Anche lui vuole diventare un eroe, ma è contro i suoi 2 fratelli, che hanno a che fare con la guerra.
Ma la vera minaccia è ben altra: dei demoni, i Lucavi, che vogliono risvegliare Altima, il loro antico capo, che altri non è che Saint Ajora Glabados, creduto un santo leggendario che creò le 12 pietre zodiacali considerate sacre, ma che in realtà sono oggetti malvagi, che trasformano in potenti demoni Lucavi. Dei membri della chiesa li aiutano in questo piano per distruggere l'umanità e Vormav ne è l'artefice: fa rapire la sorella di Ramza, Alma, perchè è l'unico corpo che può ospitare Altima.
Tra tantissimi tradimenti e la conoscenza di nuovi alleati, si arriva alle battute finali, dove Vormav apre il portale nel monastero Orbonne per la città della morte Murond dove effettuare il rito di resurrezione. L'intervento di Ramza (che in precedenza aveva scoperto di essere il discendente di chi sigillò Altima e i suoi demoni secoli prima) fa sì che le vittime “vive” non siano sufficienti e vuole sacrificare Ramza, ma, venendo sconfitto, sacrifica se stesso.
La forte volontà di Alma fa in modo che Altima esca dal suo corpo e noi lo sconfiggeremo. Ramza e Alma, creduti morti ma visti dall'amico Olan in groppa a 2 chocobo, fuggono da tutto e da tutti per ricominciare una nuova vita (ma sono fratelli comunque!). Delita, amico d'infanzia di Ramza che è passato spesso da buono a cattivo durante la storia, ha sposato Ovelia diventando re ma un giorno la donna (un po' complessata di mente) accoltella Delita ma lui riesce ad ucciderla, sopravvivendo.