Dopo essere scappati da Tera dovete trovare un posto per i Jenoma. L'idea viene a Vivi: sono stati creati per uno scopo malvagio come i maghi neri e quindi possono convivere con loro. Il vostro compito è di uccidere Kuja. La vostra meta è quindi la strana sfera che si è andata a formare sopra l'albero di Iifa. 
Prima però di avventurarvi assicuratevi di aver tutti i personaggi ad un buon livello, con ottime armi (magari le ultime) e potenti magie.
Dopodiché potete proseguire e dirigervi all'albero di Iifa. Preparatevi subito a combattere.

Boss: Shinryu (hp: 54.940)
Ruba: Dragon Wrist, Elisir, Gran Corazza.
Oggetti: Wing Edge, Elisir, Etere.

Dopo la battaglia arriverete in uno strano luogo. Vedrete tutta la squadra. Poi qualcuno parlerà con Gidan. E' Garland. Vi dirà che questa è Memoria...un luogo di ricordi e per conoscere la verità dovrete proseguire. Vi verrà chiesto di scegliere la vostra squadra. Poi andate avanti nella schermata successiva. Noterete un'icona campo (?) in fondo a destra. Potete tornare all'Invincibile da qui. Andate avanti e vedrete una sfera. Potete usare una tenda e salvare il gioco. Fatelo. Poi andate a nord. Prima di entrare dalla porta andate a destra e troverete la Lancia di Cain. Andate a nord attraverso la porta verso la schermata successiva. Qui cercate a sinistra e potrete sfidare il maestro fantasma in una partita di carte. Da qui potete solo proseguire.
In cima alle scale c'è un piccolo balcone che sbuca dal sentiero. Se uscite troverete The Tower, un'arma per Gidan, si trova sul lato destro. Poi proseguite fino a incontrare uno dei 4 guardiani del caos. Dovrete combatterlo.

Boss: Malilith (hp: 59.497)
Ruba: Armatura Genji, Ultima Sword, Masamune.
Oggetti: Piuma Fenix, Coda Fenix, Elisir, Etere.

Questo non è tanto difficile. Attacchi fisici e magici funzionano bene entrambi. Risanatevi quando i vostri hp sono a metà. Assicuratevi di avere almeno 50%-75% dei vostri hp quando Malilith farà il suo attacco finale, Pioggia di Spade, che danneggerà tutti.
Dopo la battaglia proseguite nella zona successiva. Qui la squadra vedrà il castello di Alexandria. Vedrete il filmato precedente che avevate visto ad Alexandria, come quelli in cui appare Bahamut. Garland vi dirà che questi sono i vostri ricordi. Poi quando riprenderete il controllo della squadra andate a nord (lungo la corta scalinata) e cercate a destra un punto di salvataggio. È come la sfera all'entrata. Se cercate a sinistra otterrete un Flauto d'Angelo (l'ultima arma di Eiko). Andate a destra nella prossima schermata. Qui proseguite fino a raggiungere una zona in cui piove. Cercate a sinistra e potrete giocare una partita a carte col fantasma difesa. Poi proseguite finché Gidan non vedrà una ragazza su una barca. E' la fuga di Daga e sua madre da Madain Sari nella notte della tempesta. Gidan si chiederà perché lo sta vedendo. Proseguite lungo le scale. Garland dirà poi a Gidan che è anche un suo ricordo, non solo di Daga. Ora proseguite e combatterete un altro guardiano del caos.

Boss: Tiamath (hp: 59.494)
Ruba: Blood Sword, Zoccoli, Grand Elmo.
Oggetti: Wing Edge, Coda Fenix, Elisir, Etere.

Questo boss ha davvero molti assi nella manica. Lancia letteralmente uno della vostra squadra fuori dalla battaglia. Poi il personaggio scagliato via non può più venire usato in battaglia. Quindi cercate di finire Tiamath prima possibile. Usate la magia tuono. Potete anche usare attacchi fisici. Cercate solo di essere veloci o tutti verranno soffiati via.
Dopo la battaglia cercate in basso a sinistra e troverete gli Unghie Runiche per Amarant. Poi passate attraverso l'occhio in cima alle scale verso la prossima zona. Da qui parte un altro sentiero diritto. Proseguite fino a vedere un'immagine di due pianeti in collisione. Garland vi dirà che sono Gaia e Terra che si fondono in uno. Dopo un breve dialogo riprenderete il controllo dei personaggi. Andate al castello misterioso. Dentro usate di nuovo la sfera e una tenda e poi salvate il gioco. Proseguite nella prossima schermata. Qui vedrete Quina che nuota sotto l'oceano. Gidan e gli altri saranno in piedi e respireranno normalmente. Quina sentirà che le manca il respiro.  Quando Gidan finalmente la convincerà che non è reale e che per lei lo è perché pensa che sia vero, ella sarà in grado di stare in piedi e respirare di nuovo normalmente. Andate a nord. Non salite ancora le scale. Preparate la squadra per una battaglia. Andate a destra e cercate dietro gli scogli di corallo finché un uomo vi chiederà chi disturba il suo sonno. Non andatevene e vi attaccherà.

Boss: Hades (hp: 55.535 - mp: 9.999 - Liv. 92 - Exp 65.535 - Gil 9.638)
Ruba: Abito dei Lord, Stivali da Battaglia, Scarpe da Corsa, Anello di Riflessione.
Oggetti: Punta d'ala, Elisir.

Durante la battaglia cercate di avere sempre il massimo degli hp. Mettete tutti alla retroguardia dal momento che l'abilità Spaccatura di Haves ucciderà tutti in prima linea. Caricherà anche l'attacco maledizione che infliggerà alla squadra l'effetto status destino. Per attaccarlo potete usare solo attacchi fisici e magie di fuoco\tuono\sacro.
Dopo la battaglia vi offrirà la sua abilità Sintesi. Ebbene, dopo tutto è il sintetizzatore leggendario!
Dopo aver battuto Hades e comprato alcuni ottimi equipaggiamenti da lui, preparate i personaggi per un'altra battaglia. Usate una tenda e salvate nella schermata precedente, se volete. Se siete pronti, dal pavimento oceanico andate alla scala in alto a sinistra e andate alla schermata successiva. Lungo il percorso se cercate tra le macerie riuscirete a fare una partita di carte contro il fantasma forte. Poi proseguite e combatterete il terzo guardiano del caos sulle scale.

Boss: Kraken (hp: 59.496)
Ruba: Elmo Genji, Zinale, Asta Magica.
Oggetti: Piuma Fenix, Coda Fenix, Elisir, Etere.

Questa è un'altra battaglia seccante. Ogni volta che attaccate Kraken userà la pistola ad acqua come contrattacco e farà molto danno all'attaccante. Preparate le vostre Code Fenix e oggetti e incantesimi curativi per questa battaglia. Ne avrete bisogno. Usate magie di tuono o ghiaccio su di lui. Potete anche usare attacchi fisici. Certamente morirà ma è comunque seccante. 
Dopo la battaglia andate alla prossima schermata. Qui vedrete un orologio. Andate all'estrema destra e cercate un punto di salvataggio. Potete usare una tenda e salvare la partita. Poi andate in alto a destra e muovetevi finché non vedrete un grande pianeta rosso.
Se andate al balcone che si trova proprio sopra il punto di salvataggio potrete fare una partita a carte con un maestro di carte. Poi proseguite.
Garland vi dirà che state vedendo la nascita di Gaia. Dopo un altro breve dialogo salite la prima scala. Qui ne vedrete un'altra verso nord, cercate per prima cosa a sinistra per ottenere l'arma finale di Vivi, Caos di Zeus. Poi cercate a destra e potrete combattere col fantasma scuro. Uno dei maestri di carte fantasmi.
Poi salite la scala e proseguite fino a raggiungere una stanza con 3 porte. Cercate di avvicinarvi a quella centrale e l'ultimo dei 4 guardiani del caos vi attaccherà.

Boss: Lich (hp: 58.554)
Ruba: Guanti Genji, Flauto di Siren, Giacca Nera.
Oggetti: Piuma Fenix, Coda Fenix, Elisir, Etere.

Lich è mortale! Equipaggiate l'abilità Diavolicida per i vostri attaccanti fisici. Usate equipaggiamenti che assorbono o riducono danni basati sulla terra. La vibrazione terrestre di Lich potrebbe uccidere i membri della squadra. Per prevenirlo potete usare Levita e sarete fuori portata. Preparate le Code Fenix quando lancia Destino e usate Panacea se usa Arresto. Avete bisogno di tutto l'aiuto che potete ottenere quindi non potete permettervi di perdere un membro della squadra.
Dopo la battaglia con Lich cercate a sinistra e vedrete un punto di salvataggio. Dopo aver salvato passate dalla porta. Gidan e gli altri saranno nello spazio! Poi vedrete Gidan camminare sullo spazio con le stelle. Nella prossima schermata quando vedrete solo lui e le stelle premete il tasto su o spingete il joystick verso l'alto per arrivare in fondo. Garland vi dirà infine che tutti i ricordi sono accumulati. Non è solo il presente. Tutto, dall'inizio dai genitori ai figli, tutti i ricordi sono intatti e non possono venire dimenticati. Vi parlerà anche del cristallo che si trova dietro lo spazio, che è il principio di tutto. Poi vi dirà addio. Vi chiederà di proteggere il cristallo da Kuja. Proseguite e raggiungerete il mondo di cristallo. Da qui proseguite fino alla sfera finale e al punto di salvataggio finale. Preparate gli equipaggiamenti, usate una tenda e salvate il gioco. Da qui potrete tornare indietro usando il comando teletrasporto della sfera. Vi porterà di nuovo all'ingresso di Memoria. Ma se siete pronti andate avanti ad incontrare Kuja. Dopo un breve dialogo a proposito del cristallo, che si trova proprio dietro di lui, richiamerà una maschera della morte per attaccare la vostra squadra.

Boss: Adegheiz (hp: 55.535)
Ruba: Elisir, Cintura Nera, Duel Claw.
Oggetti: Coda Fenix, Wing Edge.

Prendete nota che Meteora è un attacco non elementale e farà grossi danni alla squadra. Usate attacchi fisici e\o magie di tuono contro Adegheiz. Tenete i vostri hp sopra il 75% per evitare di venire uccisi. Dovete solo attaccare e risanarvi spesso.
Dopo la battaglia con Adegheiz potrete controllare Gidan. Tornate alla sfera, usate una tenda, preparate di nuovo i vostri personaggi e salvate il gioco. Se siete pronti andate avanti ancora e questa volta dovrete combattere lo stesso Kuja in trance.

Boss: Kuja - Trance (hp: 59.568)
Ruba: Etere, Giacca Bianca, Transmigranello.
Oggetti: ---.

Preparatevi a risanare la squadra in ogni turno. Kuja di solito fa molti danni. È anche bene equipaggiare l'abilità Autopozione per aiutarvi a riguadagnare gli hp. Cercate di equipaggiare la squadra con abilità per ridurre i danni degli attacchi elementali (specialmente contro Fuoco e Sacro). Quando gli avrete fatto abbastanza danno libererà il suo attacco finale, Ultima. Tutti i vostri hp verranno ridotti a 1 (anche quelli dei 4 membri della squadra non compresi nella battaglia).
Dopo la battaglia Kuja morirà. Vedrete la vostra squadra giacere indifesa. Improvvisamente qualcuno parlerà a Gidan. Parlerà di Kuja e del fatto che ha cercato di distruggere il cristallo in modo da non essere solo, voleva che qualsiasi altra cosa morisse con lui. La voce poi dirà a Gidan che ricomincerà a distruggere tutto quello che esiste. Gidan non lo permetterà. Sceglierà di sopravvivere. Farà tutto quello che è in suo potere per evitare che questo accada, così come tutti gli altri membri della squadra. Poi vi verrà chiesto di scegliere i membri della squadra per la battaglia finale. Tutti gli hp sono a 1. Selezionate i 4 membri. Gli altri 4 daranno ogni atomo del loro potere\vita per aiutare il gruppo nella battaglia successiva. Ognuno di loro dirà parole di incoraggiamento e scompariranno. Verrete portati al menu principale per preparare i vostri equipaggiamenti. Tristemente non potete più salvare il gioco. Dopo esservi preparati sarete nella battaglia finale di Final Fantasy IX.

Boss: Trivia (hp: 54.100)
Ruba: Elisir, Elisir, Elisir, Elisir.
Oggetti: ---.

Trivia può attaccare 2 o 3 volte per turno e perfino usare Crocifissione e Newtonring consecutivamente! Suggerisco di arrivare qui ad alto livello. Il livello 60 o più dovrebbe essere sufficiente. Dovete anche avere il migliore equipaggiamento per la vostra squadra. Quello che ho fatto io è stato usare lo Shock di Steiner. Anche se sembra facile dal momento che causa 9999 punti di danno, il problema è che Trivia è velocissimo. Quindi usate solo attacchi fisici. Quelli magici saranno meno efficaci. Di fatto, lo sconfiggerete.
Quando usa l'attacco Crocifissione infliggerà vari effetti sugli status della vostra squadra. I più comuni sono Silenzio, Blind e anche Morte. Quindi siate sempre preparati a rimuoverli e risanare gli hp della squadra.

FINALE

Dopo la battaglia con Trivia vedrete un filmato in cui l'albero di Iifa si muove violentemente. La squadra parlerà della reazione violenta che Kuja aveva detto loro sarebbe accaduta all'albero. Poi vedrete Beatrix e Mikoto sulla Rosa Rossa in pensiero per Gidan e i suoi. Poi vedrete un breve filmato della Hilda Garde 3.
A terra vedrete la squadra. Stanno salendo a bordo della nave. Ma poi Gidan sentirà qualcosa. Kuja è ancora vivo ed egli deciderà di andare a salvarlo. La squadra si infurierà con lui perché loro sono già lì e ancora lui vuole andare a salvare Kuja che li vorrebbe morti. Non riescono a fargli cambiare idea quindi gli diranno addio e saliranno sulla Hilda Garde. Vedrete un filmato della Hilda Garde 3 che decolla mentre Gidan e Daga si guardano.
Dopo questo triste addio vedrete un grande filmato di Gidan che corre attraverso l'albero di Iifa per salvare Kuja. Lo vedrà accanto all'albero ma sbaglierà. Dopo la caduta Gidan si alzerà e andrà da Kuja. I due parleranno. Kuja si chiederà perché Gidan sia tornato indietro per lui. Solo ora capirà la vera ragione della vita. Poi vedrete un filmato in cui le radici dell'albero di Iifa bloccano la loro unica via di uscita. Poi vedrete i pensieri di Mikoto su Kuja che ha dato loro una speranza e una ragione di vita.
Più tardi....
Vedrete Vivi ad Alexandria. Poi Puck lo scontrerà. Vivi non lo riconoscerà subito. E' perché il mago nero è il figlio di Vivi. Puck sarà sorpreso. Poi vedrete molti maghi neri che somigliano a Vivi (mi chiedo come faccia ad avere figli!?!). Poi vedrete i pensieri di Daga. Infine vedrete Freija e Fratley a Burmesia. Si dichiareranno il loro amore dopo non essersi visti per lungo tempo. Poi vedrete Beatrix che decide di lasciare Alexandria. Poi vedrete Amarant e Lani sulla via per Alexandria. Infine vedrete Quina in veste di cuoco. Dirà agli altri che i piatti migliori si fanno col cuore. Poi vedrete Eiko, Cid e Hilda sull'ascensore di Lindblum. Parlano delle aeronavi. Poi Eiko lo chiamerà padre! Sembra che Cid apprezzi molto e così Hilda. Vedrete Steiner e Beatrix. Steiner la convincerà a restare con lui e proteggere la regina. Poi vedrete i Tantarus che preparano un altro spettacolo sullo Scenalante. Infine vedrete Garnet al balcone del castello di Alexandria mentre attende l'arrivo della nave. Pensa ancora molto a Gidan ma ha imparato qualcosa da lui, deve lasciar indietro il passato e andare avanti.
La commedia dei Tantarus inizia. Durante la commedia appare un misterioso uomo vestito di nero, che dopo uno splendido discorso, lancerà via improvvisamente il mantello: è Gidan! Vedrete un filmato di Garnet che gli corre incontro. Beatrix e Steiner le permetteranno di andare. Gidan e Garnet si abbracceranno finalmente di fronte a tutta Alexandria. Tutti saranno felici! 
Infine vedrete un filmato e sentirete una bellissima canzone sullo sfondo. E' Melodies of Life. Poi potrete vedere i credits. Vedrete anche di nuovo alcune sequenze di filmati che avete già visto nel corso del gioco. Dopo i credits verrà la volta della parola "Fine".