In Final Fantasy VI ci sono tre tipi di magie: bianche (le magie di cura), grigie (di supporto) e nere (le magie di attacco). Purtroppo, dopo la Guerra dei Magi, soltanto poche persone al mondo sono in grado di usarla: Terra, Celes, i Cavalieri Magitek e gli abitanti di Thamasa (che utilizzano Magie Blu).
Anche se solo alcuni personaggi hanno una naturale predisposizione alla magia (nel gruppo solo Terra, Celes e Strago), nel corso del gioco sarà possibile far apprendere a tutti i personaggi l'arte magica grazie all'aiuto degli Esper. 

Ogni Esper ha una lista di incantesimi. Il numero a fianco del nome della magia è il ritmo con il quale è possibile apprendere quell'incantesimo. Vincendo le battaglie, i personaggi riceveranno Punti Magici che saranno moltiplicati per la cifra accanto al nome dell'incantesimo. Una volta arrivata la percentuale al 100% la magia sarà appresa.
Ad esempio, se state imparando la magia Bolt2 (il cui ritmo di apprendimento è x2)  e guadagnate dopo una battaglia 5 Punti Magici, avrete appreso il 10% della magia (in quanto 5x2=10).
Anche se disequipaggiate l'Esper prima di aver terminato l'apprendimento di una magia, i punti guadagnati fino a quel momento non saranno persi.
E' comunque possibile apprendere una magia da più Esper, anche se il ritmo di apprendimento potrebbe variare.
L'apprendimento di una magia può anche derivare dall'equipaggiamento di alcuni oggetti, come fossero Magicite. Per controllare quali oggetti hanno tale proprietà, basta andare nell'inventario, selezionare un oggetto e premere il tasto X.

Questo è un elenco di tutte le magie disponibili in FFVI. In battaglia è possibile lanciare alcune di queste su più bersagli premendo il comando R1.

Magie Bianche

Magie di Supporto

NOME	DESCRIZIONE	MP
BERSERK DISPEL FLOAT HASTE HASTE 2 IMP MUDDLE MUTE OSMOSE QUICK RASP REFLEX SAFE SCAN SHELL SLEEP SLOW SLOW 2 STOP VANISH WARP	Il personaggio attacca senza controllo infliggendo più danni. Toglie gli status benefici a un nemico. Fa volare un personaggio proteggendolo da attacchi Terra. Velocizza l'azione dei personaggi. Velocizza l'azione dei personaggi più a lungo. Infligge lo status Nanetto. Infligge lo status Caos. Infligge lo status Mutismo. Assorbe degli Mp dal nemico recuperandone altrettanti. Fa compiere 2 azioni nello stesso turno. Ruba diversi Mp al nemico. Riflette le magie addosso la nemico. Protegge dagli attacchi fisici.  Mostra i parametri del nemico. Protegge dagli attacchi magici. Infligge lo status Sonno. Rallenta l'azione di un nemico. Rallenta l'azione dei nemici. Ferma l'azione di un nemico per poco tempo. Fa svanire un compagno,rendendolo invulnerabile agli attacchi fisici. Fa scappare dalla battaglia e fa uscire dai sotteranei.	16 25 17 10 38 10 8 8 1 99 12 22 12 3 15 5 5 26 10 18 20

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Magie Nere

NOME	DESCRIZIONE	MP
BIO BOLT  BOLT 2 BOLT 3 BREAK DEMI DOOM DRAIN FIRE FIRE 2 FIRE 3 FLARE ICE ICE 2 ICE 3 MERTON METEOR PEARL POISON QUAKE QUARTR ULTIMA W-WIND X-ZONE	Attacco venefico più potente di Poison. Attacco elementale Tuono. Attacco potente elementale Tuono. Potentissimo attacco elementale Tuono. Attacco status che trasforma i nemici in pietra.  Toglie la metà dell'energia al nemico. Ammazza i nemici vivi e cura i non-morti. Assorbe Hp da un nemico. Attacco elementale Fuoco.  Versione potenziata di Fire Le Fiamme infernali si scatenano su un nemico. Potente attacco non-elementale. Attaccco elementale Ghiaccio. Attacco potente Ghiaccio. La forza del ghiaccio alla massima potenza. L'ira del vento e la forza del fuoco attaccano sia i nemici sia i membri del party. Una tempesta di asteroidi devasta il nemico. Una potentissima magia sacra attacca un nemico. Attacco venefico moderato. Attacco elementale Terra che però colpisce tutti, sia i nemici sia voi. Toglie il 75% dell'energia a un nemico. Mirabolante magia non-elementale che colpisce tutti i nemici. Magia che toglie il 90% degli Hp sia ai nemici che a voi. Magia che dovrebbe trasportatare i nemici in un'altra dimensione uccidendoli all'istante.	26 6 22 53 25 33 35 15 4 20 51 45 5 21 52 80 62 40 3 50 48 80 75 53